公司于2008年11月正式运行农垦农产品质量追溯系统，到目前为止确定7个基地农场为追溯基地（三河农场、宝应湖农场、白马湖农场、临海农场、淮海农场、黄海农场、南通农场），追溯单元10个，质量追溯基地规模22.05万亩；追溯产品产量6.122万吨。实现苏垦大米主要产品可追溯的要求，并且能够在销售现场实现追溯查询。

公司把农垦农产品质量追溯体系作为管理手段，加强了稻米从种植、收储、加工到销售的质量安全控制；完善了公司的应急机制，一旦产品出现问题，通过追溯可以有效查找原因，控制源头、追踪并控制产品；明确了责任，产品出现问题通过追溯追究相关责任人的责任；也增强了公司的社会责任，提高了消费者对产品安全的信任度；通过宣传更提高了品牌的影响力、竞争力。